根据《财政部关于进一步加强中央基本建设项目长财务决算工作的通知》（财办建[2008]91号）及《农业部关于进一步加强基本建设项目竣工财务决算工作的通知》：

　　（1）经营性项目投资额在5000万元（含5000万元）以上、非经营性项目投资额在3000万元（含3000万元）以上的为大中型项目，其竣工财务决算须逐级上报，并经部审核后，报财政部审批。其他项目竣工财务决算的审批，按以下权限进行；

　　1.1 中国农业科学院、中国水产科学研究院、中国热带农业科学院（以下简称“三院”）本级承担的项目，报部财务司审批；“三院”所属单位承担的项目，其竣工财务决算报院本级审批。

　　1.2“三院”本级收到下属单位申报的竣工财务决算后，对于规定审批权限内的，应及时组织评审和审批，并将审批结果报部财务司备案；对于按规定应报部财务司或财政部审批的，应于收到申报文件后及时审核并转报部财务司。

　　（2）竣工财务决算实行“先评审，后审批”的办法。按规定应由部财务司审批的竣工财务决算，委托部财会服务中心对各单位报送的竣工财务决算进行评审，根据评审意见予以批复。部农垦局、各直属垦区和“三院”在按规定权限批复竣工财务决算前，也应按本通知要求，自行委托评审机构，开展评审工作。

　　（3）“三院”审核重点：项目是否按规定程序和权限进行立项、可研和初步设计报批工作；项目建设超标准、超规模、超概算投资等问题评审；项目竣工财务决算金额的正确性评审；项目竣工财务决算资料的完整性评审；项目建设过程中主要问题的整改情况评审等。

　　（4）竣工财务决算评审工作采取报送评审和现场评审相结合的方式进行。投资额50万元以下的项目，由评审机构对建设单位报送的材料进行评审。投资额50万元（含50万元）以上的项目，由评审机构到建设单位通过听取汇报、查阅资料、核实账务、盘点实物、询问有关人员等方式进行评审。

　　（5）评审机构接受委托后应尽快开展评审工作，评审中应加强与建设单位的沟通和协调，并将相关事项与建设单位进行确认。建设单位对评审意见持保留态度的，应在评审报告中说明。评审中发现的重大财务违规问题，要及时取证并作为评审报告的附件。

　　（6）评审结束并交换意见后，评审机构应以正式文件形式提交评审报告。评审报告主要内容应包括：项目概况、资金来源、审核说明、审核依据、审核结果、投资绩效评价、评审意见和建议，并附有项目竣工财务决策审核汇总表、待摊投资明细表、转出投资明细表、待摊投资分配明细表。评审报告需评审组成员与建设单位负责人共同签章确认。